Den första gången man under en Emacs-session sparar en förändrad version av en fil, gör Emacs en säkerhetskopia av filen för den händelse att man vid ett senare tillfälle skulle ångra de ändringar man gjort. Om vi till exempel gör ändringar i filen bellman och sparar filen, så kopieras filen i sitt ursprungliga skick till namnet bellman~. Den nya versionen lagras därefter under namnet bellman. Säkerhetskopian har alltså samma namn som filen bortsett från att ett tilde har lagt till på slutet.
Det finns vissa riskmoment i att ändringar man gjort inte sparas genast utan först då man ger kommandot för att spara: om man glömmer bort att spara tillbaka bufferten, så förlorar man sina ändringar. Visserligen är detta ibland precis vad man vill, nämligen om man kommer på att ändringarna var misslyckade och man föredrar den ursprungliga versionen av filen. Men oftast vill man behålla de tillägg man gjort i en fil, så om man är på väg att lämna Emacs trots att det finns osparade buffertar, så frågar Emacs både en och två gånger om bekräftelse av att detta verkligen är ens avsikt. Det finns för övrigt ett kommando för att kasta bort de ändringar man gjort och återställa bufferten så som den är sparad på sekundärminnet, M-x revert-buffer. Även vid detta kommando frågar Emacs ifall detta verkligen är vad man vill.
Vidare, om det blir strömavbrott, så raderas innehållet i datorn och man får inte tillfälle att spara sina ändringar som kanske tagit flera timmar att skriva in. För att ge ett visst skydd mot sådana olyckor gör Emacs med jämna mellanrum tillfälliga kopior av de filer man ändrat. Därigenom kan man efter ett strömavbrott eller en systemkrasch återfå alla eller de flesta av de tillägg man gjort till filen. Dessa autosparade buffertar får samma namn som den fil man arbetar med, bortsett från att tecknet # lagts till i början och på slutet. Om bellman autosparas, så sker det alltså under namnet #bellman#.
Om man någon gång öppnar en fil av vilken det finns en nyare, autosparad version, så påpekar Emacs detta, och uppmanar en att ge kommandot M-x recover-file för att övergå till den nyare versionen i stället.
Ibland vill man kunna se mer är en fil åt gången då man arbetar med Emacs. För att kunna göra det ska man dela upp Emacs-skärmen horisontalt och/eller vertikalt med kommandona C-x 2 eller C-x 3. Varje fält som då uppstår kallas för ett fönster i Emacs.
Man justerar fönsterstorleken med kommandona C-x ^ (gör fönstret högre), C-x } (gör fönstret bredare) samt C-x { (gör fönstret smalare).
Kommandot C-x o flyttar markören till ett annat fönster. Om Emacs-skärmen är indelad i flera fönster, så kan man ta bort alla fönster utom det som markören befinner sig i med kommandot C-x 1.