n processer samtidig

[Claus Ekstroem BSA <sslug@sslug>]

Hejsa!

Jeg skal lave en raekke analyser, og jeg er saa heldig at have en maskine med to processorer, som 
jeg gerne vil udnytte samtidig. Programmet, der udfoerer analyserne skriver konstant til midlertide 
filer i dets bibliotek, saa jeg vil gerne kunne begraense antallet af samtidige analyser til 2.
I oejeblikket ser mit perl-script ud paa foelgende maade, og her analyseres hver kombination af 
kromosom og traek sekventielt. Vha fork eller threads burde det vaere muligt hele tiden at koere 
analyser paa fx. 2 kromosomer samtidig, saaledes at analysen at nyt traek paa et kromosom starter op 
saasnart den gamle analyse er faerdig. Desvaerre er jeg helt groen ud i fork/threads, saa alle 
former for hjaelp/links osv. vil vaere kaerkommen.


# Number of simultaneous analyses to have running
# $processes   = 2;
@chromosomes = (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10);
%traits      = ();
 
 
# Defines all analyses
$traits{"logbmi"}   = "sex age";
$traits{"logwh"}    = "sex age";
$traits{"fastgluc"} = "sex age bmi";
 
 
foreach $chrom (@chromosomes) {
 
    foreach $trait (keys(%traits)) {
      system("./genomescan --chromosome$chrom $trait $traits{$trait} >& /dev/null");
    }
 
}


Mvh,

Claus